Um für Patienten die bestmögliche Therapieauswahl zu gewährleisten, hat die CeGaT eine Tumor-Diagnostik entwickelt, bei der gleichzeitig 649 krebsrelevante Gene sequenziert und zusätzlich 28 Gene auf tumorauslösende Translokationen untersucht werden. Die gefundenen genetischen Veränderungen werden analysiert, interpretiert und die therapeutische Bedeutung beurteilt. Für diese Tumor-Diagnostik wird sowohl Tumorgewebe, das bei Operationen oder Biopsien gewonnen wurde, als auch Normalgewebe (z. B. aus Blut) des betroffenen Patienten untersucht.

Aus der isolierten DNA werden zunächst die zu untersuchenden Gensequenzen angereichert und dann mittels Hochdurchsatz-Sequenzierung vollständig entschlüsselt. Durch bioinformatische Auswertungen werden alle Varianten in der Patienten-DNA identifiziert, die von einem Referenzgenom abweichen. Anschließend werden die Varianten im Tumor- und im Normalgewebe miteinander verglichen um die Mutationen des Tumors zu finden.

Diese Mutationen werden von den Wissenschaftlern und Fachärzten für Humangenetik der CeGaT interpretiert. Dabei wird die Wirksamkeit verfügbarer Medikamente beurteilt und auf passende klinische Studien hingewiesen. Die Informationen über die genetischen Veränderungen und Behandlungsoptionen werden dem behandelnden Onkologen in einem Befund mitgeteilt.  Die Analyse dauert etwa vier Wochen bis die Ergebnisse vorliegen.

Anreicherung und Sequenzierung

Um einen möglichst hohen Tumorgehalt in der DNA aus der Tumorprobe sicherzustellen wird gegebenenfalls eine Makrodissektion durchgeführt. Die Anreicherung der kodierenden Bereiche sowie der angrenzenden Intronbereiche (+/- 10 bp) erfolgt mit der Agilent SureSelect in Solution Technologie. Die Hochdurchsatz-Sequenzierung wird auf der HiSeq 2500 (Illumina) Plattform durchgeführt (paired-end, mindestens 2×100 bp, durchschnittliche Coverage 500 – 1.000x).

Bioinformatische Analyse

Das Mapping der Reads erfolgt auf das Referenzgenom (hg19) und eine Liste von Varianten (SNPs, SNVs, kleinen Deletionen und Insertionen) wird erstellt. Die detektierten Varianten werden mit Informationen aus internen und externen Datenbanken annotiert. Der Vergleich der gefundenen Varianten im Tumor und im Normalgewebe führt zur Identifikation der somatischen Mutationen.

Ergebnis

Es wird ein schriftlicher Befund erstellt. Die Befundung erfolgt durch unser erfahrenes Team von Wissenschaftlern und Fachärzten für Humangenetik. Gefundene somatische Varianten in den 649 Genen werden tabellarisch mitgeteilt. Potentiell therapierelevante Mutationen werden detailliert interpretiert und mögliche Medikamente und klinische Studien aufgelistet.

Geforderte Unterlagen und Probenmaterial
  • DNA oder Blut des Patienten (5-10 ml EDTA-Blut oder 5 µg DNA)
  • Tumorgewebe (FFPE oder tiefgefroren) oder Tumor-DNA (1 µg DNA)
  • CeGaT Einsendeformular inkl. schriftlicher Einverständniserklärung
  • Kostenübernahmeerklärung

Untersuchte Gene

ABCB1, ABCC2, ABCG2, ABL1, ABL2, ACD, ACVR1, ACVR1B, AJUBA, AKT1, AKT2, AKT3, ALK, AMER1, APC, AR, ARAF, ARFRP1, ARHGAP35, ARID1A, ARID1B, ARID2, ARID5B, ARNT, ASXL1, ATF1, ATM, ATP1A1, ATP5B, ATR, ATRX, AURKA, AURKB, AURKC, AXIN1, AXIN2, AXL, AZGP1, B2M, BAP1, BARD1, BCL10, BCL11A, BCL11B, BCL2, BCL2L1, BCL2L2, BCL3, BCL6, BCL9, BCOR, BCORL1, BCR, BIRC2, BIRC3, BIRC5, BLM, BMPR1A, BRAF, BRCA1, BRCA2, BRD4, BRE, BRIP1, BTK, BTNL2, BUB1B, C11ORF30, CARD11, CASP8, CBFB, CBL, CCDC6, CCND1, CCND2, CCND3, CCNE1, CD1D, CD274, CD70, CD79A, CD79B, CD82, CDC27, CDC73, CDH1, CDH2, CDK12, CDK4, CDK6, CDK8, CDKN1A, CDKN1B, CDKN2A, CDKN2B, CDKN2C, CDX2, CEBPA, CEP57, CHD2, CHD4, CHEK1, CHEK2, CIC, CKS1B, COL1A1, CREB1, CREBBP, CRKL, CRTC1, CSF1R, CTCF, CTNNA1, CTNNB1, CUL3, CUL4B, CUX1, CYLD, CYP1A1, CYP1A2, CYP2A6, CYP2B6, CYP2C19, CYP2C8, CYP2C9, CYP2D6, CYP2E1, CYP3A4, CYP3A5, DAXX, DCC, DDB2, DDIT3, DDR2, DDX3X, DEK, DIAPH1, DICER1, DIS3, DNMT1, DNMT3A, DOT1L, DPYD, DST, EGFR, EGR3, ELAC2, ELF3, EML4, ENG, EP300, EPCAM, EPHA2, EPHA3, EPHA5, EPHA7, EPHB1, EPHB4, EPHB6, EPHX1, ERBB2, ERBB3, ERBB4, ERCC1, ERCC2, ERCC3, ERCC4, ERCC5, ERG, ERRFI1, ESR1, ETS1, ETV1, ETV4, ETV5, ETV6, EWSR1, EXT1, EXT2, EZH1, EZH2, FAM175A, FAM46C, FANCA, FANCB, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FANCM, FAS, FAT1, FBXW7, FES, FGF10, FGF14, FGF19, FGF23, FGF3, FGF4, FGF6, FGFBP1, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FH, FLCN, FLI1, FLT1, FLT4, FN1, FOXA1, FOXA2, FOXE1, FOXL2, FOXO1, FOXO3, FOXP1, FOXQ1, FRS2, FUBP1, FUS, G6PD, GABRA6, GALNT12, GATA1, GATA2, GATA3, GATA4, GATA6, GDNF, GID4, GLI1, GNA11, GNA13, GNAQ, GNAS, GOT1, GPC3, GPR124, GRIN2A, GRM3, GSK3B, GSTM1, GSTP1, GSTT1, GUSB, H3F3A, H3F3B, HGF, HIF1A, HIST1H3B, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLF, HMGA2, HNF1A, HNF1B, HOXA9, HOXB13, HRAS, HSD3B1, HSP90AA1, HSP90AB1, IDH1, IDH2, IGF1R, IGF2, IGF2R, IKBKB, IKBKE, IKZF1, IL2, IL21R, IL6ST, IL7R, ING1, ING4, INHBA, INPP4B, INPPL1, IRF2, IRF4, IRF6, IRS2, ITGB2, ITK, JAK1, JAK2, JAK3, JUN, KAT6A, KCNJ5, KDM5A, KDM5C, KDM6A, KDR, KEAP1, KEL, KIAA1549, KIT, KLF4, KLF6, KLHL6, KMT2A, KMT2B, KMT2C, KMT2D, KRAS, LAMP1, LATS1, LATS2, LCK, LGI1, LIFR, LIG4, LMO1, LPP, LRP1B, LRRK2, LTK, LYL1, LYN, LZTR1, MAF, MAFB, MAGEA1, MAGI2, MALT1, MAML1, MAP2K1, MAP2K2, MAP2K4, MAP3K1, MAP3K6, MAPK1, MAPK8, MAPK8IP1, MAX, MBD1, MC1R, MCL1, MDM2, MDM4, MECOM, MED12, MEF2B, MEN1, MET, MGA, MITF, MLH1, MLH3, MLLT10, MLLT3, MMP2, MN1, MOB1A, MOB1B, MPL, MPO, MRE11A, MSH2, MSH3, MSH6, MSR1, MTHFR, MTOR, MTR, MTRR, MUC1, MUTYH, MXI1, MYB, MYC, MYCL, MYCN, MYD88, MYH11, MYH9, NAT1, NAT2, NBN, NCOA1, NCOA2, NCOA3, NCOR1, NF1, NF2, NFE2L2, NFKB1, NFKB2, NFKBIA, NIN, NKX2-1, NKX3-1, NOTCH1, NOTCH2, NOTCH3, NPM1, NRAS, NSD1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUMA1, NUP93, NUP98, PAK3, PALB2, PALLD, PARK2, PAX3, PAX5, PAX7, PBRM1, PBX1, PCBP1, PDCD1LG2, PDGFB, PDGFRA, PDGFRB, PDK1, PER1, PHF6, PHOX2B, PIK3C2B, PIK3CA, PIK3CB, PIK3CD, PIK3CG, PIK3R1, PIK3R2, PIM1, PKHD1, PLCG1, PLCG2, PML, PMS1, PMS2, POLD1, POLE, POLH, POLQ, POT1, POU2AF1, POU2F2, POU5F1, PPM1D, PPP2R1A, PRDM1, PRDM16, PREX2, PRF1, PRKACA, PRKAR1A, PRKCI, PRKD1, PRKDC, PRSS1, PRSS8, PRX, PSIP1, PSPH, PTCH1, PTEN, PTGS2, PTPN11, PTPRC, PTPRD, PTPRT, QKI, RAC1, RAD21, RAD50, RAD51, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAF1, RALGDS, RARA, RASA1, RASAL1, RB1, RBM10, RBM15, RECQL, RECQL4, REL, RET, RHEB, RHOA, RHOH, RICTOR, RINT1, RNASEL, RNF2, RNF43, ROS1, RPL22, RPL5, RPTOR, RRM1, RUNX1, RUNX1T1, RXRA, RYR1, SACS, SAV1, SBDS, SDHA, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, SELP, SEMA4A, 01.09.2009, SETBP1, SETD2, SETDB1, SF3B1, SGK1, SH2D1A, SIN3A, SKP2, SLC15A2, SLC1A3, SLC22A1, SLC22A2, SLC22A6, SLC26A3, SLCO1B1, SLCO1B3, SLIT2, SLX4, SMAD2, SMAD3, SMAD4, SMARCA4, SMARCB1, SMARCE1, SMC1A, SMC3, SMO, SMUG1, SNCAIP, SOCS1, SOS1, SOX10, SOX11, SOX17, SOX2, SOX9, SPEN, SPINK1, SPOP, SPRED1, SPTA1, SRC, SRD5A2, SRSF2, SRY, SSX1, STAG2, STAT3, STAT4, STAT5B, STK11, STK3, STK4, SUFU, SULT1A1, SUZ12, SYK, TAF1, TAF15, TAL1, TAP1, TBL1XR1, TBX3, TCF3, TCF7L1, TCF7L2, TCL1A, TERC, TERF2IP, TERT, TET1, TET2, TFE3, TGFBR2, THBS1, TIMP3, TLR4, TLX1, TLX3, TMEM127, TMPRSS2, TNF, TNFAIP3, TNFRSF14, TNK2, TOP1, TOP2A, TP53, TP53BP1, TPMT, TPX2, TRAF3, TRAF7, TRIM24, TRRAP, TSC1, TSC2, TSHR, TYMS, U2AF1, UBR5, UGT1A1, UGT2B15, UGT2B17, UGT2B7, UIMC1, USP9X, VEGFA, VHL, VKORC1, WASF3, WHSC1, WISP3, WRN, WT1, WWTR1, XPA, XPC, XPO1, XRCC1, XRCC2, YAP1, ZBTB2, ZFHX3, ZNF217, ZNF703

Zusätzliche Detektion von ausgewählten Translokationen in den Genen
ALK, BCL2, BCR, BRAF, BRD4, EGFR, ERG, ETV4, ETV6, EWSR1, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FUS, MYB, MYC, NOTCH2, NTRK1, PAX3, PDGFB, RARA, RET, ROS1, SSX1TFE3, SUZ12, TAF15, TCF3, TMPRSS2